In de loop van de jaren ‘90 werd duidelijk dat natuur in Nederland niet alleen vrij schaars is maar ook erg versnipperd. Een beleid gericht op het verbinden van natuurgebieden kwam tot stand. Daarnaast werden belangrijke natuurgebieden onder de bescherming van Natura 2000 gebracht. In het Groene Hart ligt de ecologische verbindingszone tussen IJsselmeer en Biesbosch als onderdeel van het nationale natuurnetwerk. Belangrijke rietlanden als de Nieuwkoopse Plassen, Zouweboezem, Kinderdijk bieden een toevluchtsoord voor zeldzame vogels. In de Nieuwkoopse Plassen, ontstaan door het afgraven van turf, probeert men het veenmos weer aan te laten groeien.
De eeuwenoude veenweidegebieden zijn het meest kenmerkend voor het Groene Hart. Karakteristiek zijn de smalle kavels, met veel sloten, de kades, de dijken, lintdorpen, oude dorpskernen, kronkelende veenriviertjes, vee, (weide)vogels, met hier en daar rietlanden en moeras. De veengebieden hebben een hoge ecologische waarde. Zij worden voor het overgrote deel agrarisch gebruikt. Agrarisch natuurbeheer is er op gericht de weidevogels, en kruidenrijke weiden meer kansen te bieden binnen het agrarisch bedrijf. Ook hier is een robuuste omvang van beschermd terrein een belangrijke voorwaarde om te kunnen slagen. Daarom wordt gezocht naar meer samenwerking tussen natuurgebieden waar de natuur op de 1e plaats staat en agrarisch natuurbeheer waar het belang van het bedrijf een belangrijke voorwaarde blijft.
Ook het programma Ruimte voor de Rivier heeft de natuurwaarden van het Groene Hart versterkt. De ecologische kwaliteit van de uiterwaarden langs de Lek en de Linge zijn enorm toegenomen. In deze uiterwaarden vinden we nu veel planten van de rode lijst en in het voorjaar veel bijzondere orchideeën. De Lek speelt een belangrijke rol bij de vogeltrek. In het vroege voorjaar en late najaar kunnen hier veel groepen trekvogels worden waargenomen. In de winter vindt je er veel wintergasten. Op een enkele plek langs de rivieren zijn de oude griendbossen herstelt.